В случае с автономным учреждением дополнительно оговаривается, что собственник имущества автономного учреждения не имеет права на получение доходов от осуществления автономным учреждением деятельности и использования закрепленного за автономным учреждением имущества. Следовательно, автономное учреждение имеет возможность полностью и самостоятельно использовать эти доходы в своих целях.
Для автономного учреждения важно то, что ст. 41 Бюджетного кодекса РФ (далее - БК РФ) исключает доходы от использования имущества, закрепленного за автономным учреждением па праве оперативного управления, из перечня видов неналоговых доходов бюджета. В соответствии со ст. 42 БК РФ из учета в доходах бюджетов также исключаются:
средства, получаемые в виде арендной либо иной платы за сдачу во временное владение и пользование или во временное пользование имущества, находящегося в оперативном управлении автономных учреждений;
средства, получаемые от передачи имущества, находящегося в оперативном управлении автономных учреждений, под залог;
другие предусмотренные законодательством РФ доходы от использования имущества, находящегося в оперативном управлении автономных учреждений.
В соответствии со ст. 43 БК РФ средства, получаемые от продажи имущества, находящегося в оперативном управлении автономных учреждений, исключаются из перечня средств, подлежащих зачислению в соответствующие бюджеты в полном объеме.
В БК РФ сделано также общее указание на то, что автономные учреждения более не являются бюджетными учреждениями. Следовательно, на них уже не распространяются требования бюджетного законодательства о порядке расходования средств, находящихся в самостоятельном распоряжении, о необходимости расходовать их строго по статьям сметы доходов и расходов, о сложной и длительной процедуре выделения средств по сметному финансированию, о порядке расходования средств путем размещения государственного или муниципального заказа уполномоченным органом (организации аукциона, конкурса, проведения котировок цен) и т.п. Казначейство не контролирует более распоряжение данными средствами.
Таким образом, бюджетное законодательство практически не ограничивает автономные учреждения в распоряжении внебюджетными доходами. Однако это относится главным образом к внебюджетным доходам. Обязанность целевого использования бюджетных субсидий и субвенций в соответствии с их назначением сохраняется. Сохраняется и финансовый контроль за использованием бюджетных денежных средств. Автономное учреждение в установленном порядке вправе открывать счета в кредитных организациях. И в этом его большой плюс, поскольку бюджетные учреждения могут иметь лишь лицевые счета в казначействе. Автономное учреждение отвечает по своим обязательствам закрепленным за ним имуществом. Это означает, что, на первый взгляд, кредиторы смогут обратить взыскание на больший объем активов учреждения. Однако потеря определенных видов имущества по долгам может сказаться на самой возможности существования учреждения - например, невозможна деятельность школы без помещений, учебного оборудования, мебели. Поэтому законодатель оградил автономные учреждения от подобных ситуаций, оговорив, что по долгам автономного учреждения взыскание не может быть обращено на недвижимое имущество и особо ценное движимое имущество, закрепленное за ним учредителем или приобретенное автономным учреждением за счет средств, выделенных ему учредителем на приобретение этого имущества. Автономное учреждение отвечает по своим долгам своим имуществом, однако недвижимое и особо ценное движимое имущество, закрепленное за ним учредителем или приобретенное за счет средств учредителя, защищено от ареста по долгам и взыскания. Такая схема выглядит достаточно привлекательной для учреждения. Однако следует помнить, что при этом собственник имущества автономного учреждения не несет ответственность по обязательствам автономного учреждения. Таким образом, если у учреждения нет иного имущества, кроме описанного выше, за долги не отвечает никто, и при этом должник продолжает работать и владеть необходимым для работы имуществом, а процедура банкротства не проводится (процедура банкротства фактически запрещена законом в отношении любых учреждений см. п. I ст. 65 ГК РФ в ред. от 03.11.06).
Если долги бюджетного учреждения могут быть взысканы за счет казны путем привлечения к субсидиарной ответственности учредителя-собственника, то долги автономного учреждения могут оказаться никак не обеспечены. Повое законодательное регулирование в этом смысле нелогично: если юридическое лицо не несет полной ответственности за свою деятельность, то ее должны нести иные лица (например, учредитель для бюджетного учреждения). В итоге многие контрагенты (т.е. стороны в договорах учреждения) могут обеспокоиться, за счет какого имущества они будут возмещать свои убытки в случае, если автономное учреждение окажется неспособным исполнить обязательства. И это может привести к неприятным для автономного учреждения последствиям: с ним могут просто отказаться заключать договоры, или же могут требовать 100% предоплаты, или страхования ответственности, расчетов посредством покрытого (депонированного) аккредитива, залога, поручителей, банковской гарантии и т.п. Таким образом, в определенных сферах проблемное для контрагентов решение вопроса об ответственности может усложнить и обусловить удорожание деятельности автономного учреждения.