Первоначально при реализации этой программы главными задачами в области конверсии на этом этапе должны были стать сохранение наиболее важных элементов производственного и научно-технического потенциала предприятий оборонного комплекса России, их максимальное использование для реконструкции экономики, развития социальной сферы, для создания импортозамещающих производств, расширения экспортных возможностей страны. Предполагалось, что государство будет использовать широкий арсенал средств государственной поддержки конверсии оборонных предприятий. Среди них: бюджетное финансирование конверсии, льготное государственное кредитование, использование внебюджетных государственных фондов конверсии, предоставление конверсируемым предприятиям налоговых льгот, разрешение предприятиям использовать для финансирования программ конверсии и часть валютной выручки от экспорта вооружений, а также от продажи лицензий и технической документации на их производство, содействие в получении иностранных инвестиций и безвозмездной помощи, приоритетное включение конверсионных проектов в иностранные кредитные линии, оказание предприятиям оборонного комплекса методической, юридической и иных видов помощи. Поэтому одним из основных условий предоставления конверсируемым предприятиям и организациям материально-финансовой и технической помощи государства или содействия в предоставлении такой помощи со стороны отечественных и зарубежных инвесторов становилось изменение организационно-правовой формы собственности предприятий, их акционирование и коммерциализация в интересах эффективного функционирования в рыночных условиях. Вывод мощностей, относящихся к оборонному комплексу, за рамки сложившейся системы управления планировалось осуществлять через формирование хозяйственно независимых корпораций и концернов. Глубоко специализированные на производстве вооружений и военной техники предприятия, процесс конверсии на которых крайне затруднен, а также крупные НИИ и КБ, где сосредоточено сложнейшее и дорогостоящее оборудование, которое можно было использовать только для разработки и испытаний образцов вооружения и военной техники, планировалось преобразовать в казенные предприятия и базовые государственные научно-технические центры.
Предполагалось, что разработка и производство вооружения и военной техники для российских вооруженных сил будет производиться небольшим количеством узкопрофильных и глубоко специализированных оборонных предприятий и организаций, принадлежащих государству и действующих на основе Положений о специализированных государственных предприятиях и о государственных научно-технических центрах. Кроме того, эти же работы могли, при необходимости, проводиться крупными диверсифицированными и независимыми от государства корпорациями, в которые преобразованы многие предприятия и организации оборонного комплекса в результате их разгосударствления. Их привлечение к выполнению военных заказов должно осуществляться по контрактам, полученным преимущественно на конкурсной основе в соответствии с Положением о контрактации по оборонным заказам, которые предстояло разработать. К тому времени должно было также быть реформировано Министерство обороны и система военных заказов.
Большая часть предприятий должна переориентироваться на функционирование в условиях свободной экономики, на развитие гражданских и «двойных» технологий в целях достижения высокого качества продукции российского машиностроения, завоевания и удержания лидерства в отдельных областях научно-технического прогресса, закрепления позиций России на мировом рынке. При реализации этой модели на государственные органы управления возлагались задачи создания макроэкономических условий выполнения военных заказов, определение условий контрактации выработки и реализации мобилизационной политики, обеспечение предприятий различными видами государственной помощи при изменении их загруженности оборонными заказами, решение проблем государственных инвестиций в предприятия, связанные с выполнением военных заказов и т.д. Такова альтернативная концепция конверсии.
Отсутствие новой военно-технической политики, отказ правительства от государственного регулирования системы закупок вооружения и военной техники, которое правительство по умолчанию «повесило» на Министерство обороны, резкое сокращение ассигнований привели к «фибрилляции» этой системы, последствия которой сказываются и сегодня.