В сочинениях Ф.Кенэ решительно осуждаются взгляды меркантилистов на экономические проблемы, что, по сути, явилось отражением нараставшей в стране на протяжении ряда десятилетий неудовлетворенности состоянием сельского хозяйства, к которому привел его, так называемый кольбертизм времен Людовика XIV. В них отражена его убежденность в необходимости перехода к фермерскому хозяйству как основе свободного (рыночного) механизма хозяйствования на принципах полной свободы ценообразования в стране и вывоза за границу сельскохозяйственной продукции.
Таким образом, можно заключить, что в качестве предмета изучения политической экономии Ф.Кенэ избрал чрезмерно возвеличенные им же с точки зрения общественного благополучия проблемы сельскохозяйственного производства, являющегося составной частью сферы производства. Причем он явно недооценивает взаимосвязь всех сфер экономики, что обусловлено методологическими принципами, которых Ф.Кенэ неизменно придерживался в своем творчестве.
Методологической платформой экономического исследования Ф.Кенэ стала разработанная им концепция о естественном порядке, юридической основой которой, на его взгляд, являются физические и моральные законы государства, охраняющие частную собственность, частные интересы и обеспечивающие воспроизводство и правильное распределение благ. По его словам, "сущность порядка такова, что частный интерес одного никогда не может быть отделен от общего интереса всех, а это бывает при господстве свободы. Мир идет тогда сам собой. Желание наслаждаться сообщает обществу движение, которое становится постоянной тенденцией к возможно лучшему состоянию"[3, c. 23].
Одновременно Ф.Кенэ предупреждает, что "верховная власть" не должна быть аристократической или представленной крупным земельным собственникам; последние, соединившись вместе, могли бы образовать власть более могущественную, чем сами законы, поработить нацию, причинить своими честолюбивыми и жестокими распрями разорение, неустройства, несправедливости, наиболее зверские насилия и создать самую разнузданную анархию". Он считал целесообразным сосредоточить высшую государственную власть в одном просвещенном лице, обладающем знанием законов естественного порядка, необходимых для осуществления государственного руководства.
Оценивая методологию исследования Ф.Кенэ и его последователей, Н.Кондратьев отмечал, что "в учении физиократов можно найти уже систему теоретических экономических взглядов", хотя, по сути, эти исследователи не провели практическими (экономико-политическими) суждениями". Провозглашенная физиократами экономическая наука, по его мнению, изучает физические и моральные законы "наиболее совершенного строя", который вызывает у них "вдохновение и энтузиазм, до известной степени сектантский характер всего их течения и мессианизм во взглядах на свою роль".
Достаточно критично характеризует методологию физиократов и Й.Шумпетер, который писал: "Едва только исследователи двинулись дальше, они попали в колею статического представления. Сначала это были…физиократы".
Наконец, по оценке М.Благуа, видно, что для Кенэ "деньги - не более чем средство обращения, что торговля, в сущности, сводится к бартерному обмену и что производство автоматически генерирует доход, выплата которого позволяет перейти к следующему производственному циклу" [2, c.25].