Совет по торговле ведет наблюдение за применением и действием соглашений. Касающихся торговли товарами. В этом ему оказывают помощь ряд комитетов и других органов, занимающихся вопросами доступа на товарные рынки, мерами по санитарии и фитосанитарии, проблемами, связанными с торговыми аспектами инвестиций, вопросами субсидий и компенсаций, оценки таможенных пошлин, технических барьеров в торговле, антидемпинговой практики, лицензировании импорта, мониторинга торговли текстилем.
Совет по торговле услугами сосредотачивает усилия на вопросах телекоммуникационных средств, передвижения физических лиц, услуг по морским перевозкам. С ним тесно взаимодействуют комитет по торговле финансовыми услугами и Рабочая группа по профессиональным услугам.
Совет по торговым аспектам прав интеллектуальной собственности, помимо осуществления контроля за выполнением соответствующего соглашения (ТРИПС), занимается также вопросами предотвращения возникновения конфликтов, связанных с международной торговлей поддельными товарами. Многочисленные специализированные комитеты и рабочие группы занимаются отдельными соглашениями системы ВТО и решением вопросов в таких областях, как защита окружающей среды, проблемы развивающихся стран, процедура присоединения к ВТО и региональные торговые соглашения.
Секретариат ВТО, который базируется в Женеве, имеет около 500 штатных сотрудников; его возглавляет генеральный директор. Секретариат ВТО, в отличие от подобных органов других международных организаций, не принимает решений, так как эта функция возлагается на сами страны-члены. Основные обязанности Секретариата - обеспечивать техническую поддержку различным советам и комитетам, а также Министерской конференции, оказывать техническое содействие развивающимся странам, проводить анализ мировой торговли и разъяснять положения ВТО общественности и средствам массовой информации. Секретариат также обеспечивает некоторые формы правовой помощи в процессе разрешения споров и консультирует правительства стран, желающих стать членами ВТО. На сегодняшний день таких стран насчитывается более двадцати.